Jedes Individuum, das der Sammlung einverleibt wird, enthält eine Inventarnummer. Das erste Acquisitions- verzeichnis der
Sammlung stammt aus dem Jahre 1806, viele Belege datieren jedoch noch aus früherer Zeit.
In der wissenschaftlichen Literatur werden Sammlungsbestände mit dem Akronym NMW (für Naturhistorisches Museum Wien) gekennzeichnet. Die Sammlung enthält Säugetiere aus der ganzen Welt, wobei palaearktische Arten am besten vertreten sind.
Die Sammlung besteht aus Skeletten, Fellen, Bälgen und Dermoplastiken sowie Alkoholpräparaten. Von den Skeletten wurden häufig nur Schädel aufbewahrt, weil diese bei Säugetieren die wichtigsten Bestimmungsmerkmale tragen. Bei Bälgen handelt es sich um Fellpräparate für den wissenschaftlichen Gebrauch. Dermoplastiken (früher "Stopfpräparate") sind hingegen künstlerische Präparate für Schauzwecke. Sie zeigen das Tier in einer möglichst natürlichen Haltung und Bewegungsweise.
Die Sammlung von in Alkohol konservierten Säugetieren ist nur klein, wird jedoch im Hinblick darauf, dass aus alkoholkonservierten Exemplaren viel leichter DNA für genetische Studien zu gewinnen ist als aus Trockenpräparaten, in neuerer Zeit zügig ausgebaut.
Studienbälge, Schädel und der Großteil der Skelette sind in den Arbeitsräumen in metallenen Schrankanlagen in systematischer
Ordnung untergebracht. Dermoplastiken, so ferne sie nicht in der öffentlich zugänglichen Schausammlung sind, und Felle befinden
sich im klimatisierten Tiefspeicher. Hier werden aus konservatorischen Gründen die besonders wertvollen Präparate ausgestorbener
Säugetierarten (Blaubock, Quagga, Beutelwolf, Syrischer Onager, Somali-Wildesel) aufbewahrt. Montierte Skelette, Geweihe und
Walschädel und -skelette befinden sich aus Platzgründen in adaptierten Kellerräumen.
Einen umfangreichen Sammlungsschwerpunkt bildet holozänes Säugetiermaterial, das in Höhlen vom Boden aufgesammelt wurde. Es stellt die wichtigste in Österreich existierende Quelle für das Studium der faunengeschichtlichen Entwicklung der Säugetierfauna der Ostalpen nach der Eiszeit bis zur Gegenwart dar. Das Material wurde hauptsächlich von österreichischen Höhlenforschern gesammelt.
Die wissenschaftliche Sammlung ist für interessierte Personen nach schriftlicher oder telefonischer Voranmeldung zugänglich.
Blaubock: Von dieser um 1800 ausgestorbenen südafrikanischen Antilopenart gibt es nurmehr vier aufgestellte Exemplare; der
Wiener Blaubock ist das einzige Weibchen. (c) NHM Wien, Alice Schumacher
Kurzschnabel-Ameisenigel aus der Alkoholsammlung: eines der ganz wenigen Säugetiere, die Eier legen. (c) NHM Wien, Alice Schumacher
Gepard im Sprint; (c) NHM Wien, Alice Schumacher
Klimatisierter Tiefspeicher mit historischen Stopfpräparaten; (c) NHM Wien, Alice Schumacher
Hirscheber oder Babirusa: Bei den Männchen dieser hauptsächlich auf Sulawesi in Indonesien beheimateten Schweineart wachsen
die oberen Schneidezähne nach oben und biegen sich dann nach hinten in Richtung der Augen. (c) NHM Wien, Alice Schumacher
Schädel in der Säugetiersammlung; (c) NHM Wien, Alice Schumacher
