Die Aufgabe der Prähistorischen Abteilung des Naturhistorischen Museums ist es, die Geschichte der Menschen anhand ihrer Hinterlassenschaften zu erforschen und die darüber gewonnenen Erkenntnisse zu vermitteln. Dazu werden unwiederbringliche Zeugnisse der Vergangenheit von den Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern gesammelt, bewahrt und untersucht.
Bereits in der ursprünglichen Planung des Hauses im 19. Jahrhundert war vorgesehen, neben den naturwissenschaftlichen Abteilungen
auch eine anthropologisch-ethnographische Abteilung einzurichten, die sich der Erforschung der Menschheit widmet. Damit erhielten
die drei klassischen Menschheitswissenschaften Anthropologie, Ethnologie und Prähistorie die erste staatliche Forschungsstelle
in Österreich. Im Jahr 1924 machten es die großen Fortschritte auf diesen wissenschaftlichen Gebieten nötig, die Abteilung
dreizuteilen, wobei die Ethnologie im Jahr 1927 im Museum für Völkerkunde aufging. Heute sind die Prähistorische Abteilung
und das Archiv für Wissenschaftsgeschichte die einzigen geisteswissenschaftlichen Abteilungen im Haus. An den Aufgaben der
Prähistorischen Abteilung hat sich in den über 100 Jahren ihrer Existenz nur wenig verändert. Es ist diese Kontinuität, die
es ermöglicht, Forschungen an wichtigen Fundorten über viele Jahrzehnte oder gar über Jahrhunderte fortzuführen.
Die Forschungen der Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler der Abteilung decken nahezu alle Epochen der Ur- und Frühgeschichte unseres Landes ab. Durch die Qualität des Fundmaterials aus den von ihnen untersuchten Fundorten, aber auch durch den intensiven Austausch mit den Naturwissenschaftler*innen im Haus, leisten die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Prähistorischen Abteilung immer wieder wichtige Beiträge zur methodischen Weiterentwicklung ihres Faches.
Ein stärkeres Gewicht als in den Anfangszeiten nimmt heute die Wissensvermittlung ein. Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter der Prähistorischen Abteilung unterrichten neben ihrer Tätigkeit im Haus auch an verschiedenen nationalen und internationalen Universitäten, betreuen Diplom- und Dissertationsarbeiten oder bilden Praktikant*innen weiter. Künftig sollen außerdem Informationen über die Forschungstätigkeit des Hauses mittels moderner Medien noch stärker als bisher der Öffentlichkeit zugänglich gemacht werden. Dem wurde mit der Neueröffnung der Prähistorischen Schausammlung im September 2015 Rechnung getragen.
Die Prähistorische Abteilung pflegt enge Kontakte zu archäologischen Einrichtungen in allen Nachbarländern Österreichs und darüber hinaus. Durch ihren Beitrag zur experimentellen Archäologie sowie zur Textilforschung wachsen inzwischen auch stärkere Bande nach Nordeuropa. Durch ihr Engagement in der fachspezifischen IT verstärken sich die Kontakte nach Osteuropa.