Der Forschung in der zoologischen Abteilung tat dies aber keinen Abbruch, bedeutende Persönlichkeiten wirkten in den Sammlungen
der Wirbellosen. Otto Pesta (1885-1974) etablierte sich als anerkannter Limnologe und Crustaceen-Spezialist, von Hermann Spandl
(1899-1926), Assistent in der Crustaceen Sammlung, sind hervorragende Arbeiten publiziert worden. Carl von Attems-Petzenstein
(1868-1952) veröffentlichte Standardwerke für alle Tausendfüßer-Spezialisten, Wolfgang Adensamer (1899-1964), Kustos der Mollusken-Sammlung,
stellte Untersuchungen an Landschnecken hinsichtlich tiergeographischer und faunenhistorischer Fragestellungen an.
Während des 2. Weltkrieges wurden die Sammlungen in aller Eile und teilweise ungeordnet in Keller des Museumsgebäudes evakuiert,
manche Sammlungsräume hatten Bombentreffer abbekommen, das Mobiliar war beschädigt. Einige Kustoden des Museums waren vor
und während des Anschlusses an Hitler-Deutschland in heftige politische Intrigen verwickelt gewesen, was nach Kriegsende zu
einer teilweisen Personalrochade führte. In langwieriger und mühsamer Tätigkeit mussten die verwahrlosten Sammlungen und Bibliotheken
wieder geordnet und zugänglich gemacht werden. Hans Strouhal (1897-1969), Leiter der zoologischen Abteilung und 1952 zum Ersten
Direktor des Hauses bestellt, gebührt für seine Leistungen in dieser schweren Zeit besondere Anerkennung und Dankbarkeit.
Sein wissenschaftliches Fachgebiet war die Systematik der Landasseln.